Den vattenomflutna låglandsborgen i Egelns östra utkant omnämns för första gången 1207 som tillhörig klostret Gernrode och 1250 nämns att den erövrades av adeln i Hadmersleben. Den mest kände representanten för släkten var Otto von Hadmersleben, som var gift med grevinnan Jutta von Blankenburg och enligt krönikeskrivaren Leuckfeld alltid var redo för fejd. Han lät omge orten med en kraftig mur med två stadsportar och förstärkte borgens försvarsanläggningar.


År 1259 grundade Jutta och Otto von Hadmersleben klostret Marienstuhl i "sin stad Egeln".
I 166 år regerade släkten von Hadmersleben på lantgodset Egeln, tills den 1416 utslocknade på manssidan med greve Kurt von Egelns död. Då grevarna von Hadmersleben i Egeln 1375 hade slutit ett arvsfördrag med grevarna von Barby-Mühlingen, övergick Egeln nu via grevarna von Barby-Mühlingen till domkapitlet i Magdeburg och användes som sommarresidens och taffelgods.

År 1430 började en omfattande om- och tillbyggnadsfas av borgen. Till slottet hörande byar, odlade markområden och staden Egeln kom under domkapitlet och administrerades av en godsförvaltare, vilken även utövade den högre jurisdiktionen. Under trettioåriga kriget belägrades borgen flera gånger både av svenskarna och de kejserliga och blev även intagen.

År 1631 skänkte den svenske kungen Gustav Adolf godsen Hadmersleben och Egeln till generalfältmarskalk Johan Banér för hans förtjänster i slaget vid Breitenfeld. År 1632 flyttade Banér in i borgen Egeln med sin familj. Banér var då svenska arméns överbefälhavare och gift med grevinnan Catharina Elisabeth von Pfuel, som tog med sin väninna grevinnan Elisabeth Juliane von Löwenstein till Egeln. Denna hämtade den 11-åriga föräldralösa flickan Anna Margaretha von Haugwitz från klostret Marienstuhl i Egeln och uppfostrade henne tillsammans med sin dotter. År 1635 blev denna vid en bankett vid "svenska hovet i Egeln" bekant med sin kommande man generalmajor Carl Gustav Wrangel, som vid denna tid ännu stod under Banérs befäl. Vid dopet av Banérs son påsken 1635, då höga svenska officerare och även rikskansler Oxenstierna vistades i Egeln, skulle ett mordförsök ske mot Banér och hans gäster, vilket dock avslöjades i tid och anstiftaren Johann Stallmann kunde gripas.

I slutet av 1636 övertogs borgen åter av kejserliga trupper. Efter Westfaliska freden blev den preussisk domän och förlänades som arrendegods till förtjänta officerare, vilka även utövade funktionen som kunglig godsförvaltare. Bland dem skall särskilt nämnas familjen Wilhelm och Friederike Wahnschaffe, vilka innehade godset under Napoleonkrigens svåra tider. Under de skiftande ockupationerna, då tidvis upp till 200 soldater fick inhysas och utspisas, var även så berömda personer som drottning Luise av Preussen, den sedermera svenska kungen greve Bernadotte, greve Murat och general Blücher på besök med sina uppvaktningar.

En ekonomisk höjdpunkt upplevde domänen Egeln än en gång med införande av sockerodlingen i mitten av 1800-talet och blev en outtömlig rikedomskälla för arrendatorn Heinrich Honig, som 1873 kunde överlämna arrendet till sin svärson Paul Wahnschaffe och själv slå sig till ro som stenrik "rentier" i ett villakvarter i Berlin.

Efter 1945 var anläggningen förstatligad, men intresset för de historiska byggnadernas underhåll var så svagt, att en period av tilltagande förfall tog vid. År 1987 lyckades urmakaren från Egeln Hans Grube vinna godsdirektören för projektet "Vattenborgsaktionen" och därmed sätta stopp för ett beslut i magistraten att helt fylla ut den redan uttorkade borggraven med byggnadsavfall. På hans initiativ blev från och med 1991 huvudtornet och porthuset restaurerade och inrymmer sedan 1993 Egelns museum för förhistoria, tidig historia och stadshistoria.

I oktober 1995 kom borganläggningen i staden Egelns ägo. Den samma år grundade stödföreningen för vattenborgen Egeln försöker tillsammans med staden Egeln att långsiktigt förvandla borgen till ett kulturellt centrum i regionen. På den gamla delen av borgen har hittills skapats en friluftsteater, ett kreativitetscentrum för stödföreningen, en målarskola och en källarteater. I museets foajé, i den gamla borgdelens porthus, finns sedan 1998 ett vigselrum, och följande bröllopsfester kan hållas i borgens källarvalv. På huvudbyggnadens övervåning finns borgens vandrarhem med tre dubbelrum och ett enkelrum.